Олексій Лукич Кононський народився в 1884 р. в м. Сквира Київської губернії в сім’ї міщанина.

Чернечий постриг прийняв 17 березня 1923 р.

У 1897 р. закінчив Києво-Шулявську церковноприходську школу. З 17 червня 1907 р. — в числі працюючих лаврської богадільні, з липня — послушник. Потім несе послух у срібній майстерні. 19 грудня 1914 р. облачений в рясофор намісником Лаври архімандритом Амвросієм. Надалі виконує послух в благочинницькому відомстві. 11 травня 1918 р. призначений читцем церкви Больницького монастиря, потім ніс кліросний послух на Ближніх печерах, в богадільні, Свято-Преображенській пустині і ін.

З 1919 р. — на криласі Дальніх печер, а також до 1922 р. несе місіонерський послух. Постриг в мантію звершений в церкві прп. Феодосія на Дальніх печерах. 16 грудня 1923 р. у Великій церкві рукопокладений в сан ієродиякона. Після виселення з Лаври в кінці 1920-х рр. жив на вул. Арсенальній, 19, та Хрестовому провулку, 1. Служив в Олександро-Невській церкві на Печерську. Займався поденною роботою, пиляв дрова. У 1928 р. деякий час був на приході в одному з сіл Київської області.

У 1928 р. серед православних в Києві поширювалася брошура під назвою «А. Затворник. Обновленці по суду канонів Вселенської Православної Церкви» (обсяг 125 стор.). З лаврських ченців її придбали ієродиякон Інокентій (Логвинов), ієромонахи Філогоній (Неділько, помер в грудні 1928 р.), Миколай (Козорєзов), Еразм (Прокопенко), Єремія (Оленич) і ін. Брошура була виявлена в Полтаві і інших населених пунктах.

У зв’язку з поширенням брошури о. Аполлоній заарештований органами ДПУ 31 січня 1929 р. за постановою про залучення 5 осіб в якості обвинувачуваних «за виготовлення, зберігання та поширення антирадянської, контрреволюційної літератури і використання релігійних забобонів мас». Рішенням Особливої наради при колегії ОДПУ від 31 травня 1929 р. о. Аполлоній засуджений на 3 роки трудтаборів. У числі 5 засуджених був також священик церкви с. Позняки Смолій Микита Антонович. 6 червня 1929 р. надходить термінова вказівка ДПУ: засуджених «належить відправити на Соловки».

За свідченням свідків 1939 р. о. Аполлоній після заслання повернувся в 1932 р. до України і «припинив всяку діяльність».