Народився Амвросій Федорович Щур в 1852 р. в містечку Тростянець Брацлавського повіту Подільської губернії в селянській родині.

Чернечий постриг з ім’ям Амфілохій прийняв 20 листопада 1883 р.

Початковий період послушництва пройшов в Києво-Печерській Лаврі, де з 16 вересня 1874 р. по червень 1876 р. ніс послух на Спасо-Преображенському цвинтарі. Потім перебував в Мошногірському Вознесенському монастирі, де прийняв постриг і в 1884 р. був рукопокладений в сан ієродиякона. Через хворобу переміщений до Жаботинського Свято-Онуфріївського монастиря. 30 січня 1891 р. рукопокладений в сан ієромонаха.

З серпня 1892 р. по вересень 1901 р. — в Катерининському Греко-Синайському монастирі. У вересні 1901 р. переміщений до Голосіївської пустині Києво-Печерського монастиря на чергове богослужіння. Потім несе послух духівника братії і богомольців Спасо-Преображенської пустині, з жовтня 1903 р. — в Китаївській пустині.

8 квітня 1904 р. призначається священиком санітарного загону, який направляється на Далекий Схід, в Харбін. З 29 червня 1904 р. до 31 серпня 1905 р. — судновий священик «плавучого лазарету». У відгуку керівництва сказано, що о. Амфілохій виконував свій священицький обов’язок «надзвичайно сумлінно», з пораненими «обходився з великою лагідністю». Государ Імператор за доповіддю обер-прокурора Св. Синоду в серпні 1906 р. нагородив о. Амфілофія орденом Св. Анни 3-го ступеня «за відмінно-старанне служіння і праці, понесені під час військових дій».

Після повернення до Києва служить в Китаївській пустині, з 15 січня 1906 р. — на Дальніх печерах Києво-Печерської Лаври. 20 січня 1907 р. подає прохання про постриг у схиму. 17 березня 1907 р. пострижений у велику схиму з нареченням імені Олексій. 20 березня 1907 р. призначений духівником у Велику церкву. 6 травня 1908 р. нагороджений наперсним хрестом. 7 червня 1923 р. призначений блюстителем Ближніх печер. У 1920-х рр. — духівник братії монастиря.

У 1928 р. разом з ієросхимонахом Вассіаном (Гнилюком) — духівником архімандрита Климента (Жеретієнка) — виїжджав до Харкова для ознайомлення його з відповіддю митрополита Сергія на лист о. Климента про невизнання Декларації 1927 р. З середини 1920-х рр. постійно проживав в Китаївській пустині, після її закриття — на Мишоловці, вул. Леніна, 20.

Священнослужитель Олександр Вишняков в 1932 р. висловлювався про старця так: «Знаю його 3 роки. За своїми поглядами людина яскраво контрреволюційних нахилів… проте на будь-яку організаційну к/р роботу він не здатний… внаслідок відчуженості від життя». Він «знавець всіх релігій», «глибокий старець», «містик». (Настоятель церкви Миколая Набережного о. Олександр Вишняков в листопаді 1941 р. розстріляний окупантами за оприлюднення в храмі «Послання пастирям і пасомим Христової Православної Церкви» — першого послання Місцеблюстителя Патріаршого престолу митрополита Сергія від 22 червня, в якому владика закликав на захист Вітчизни. В ті ж часи був розстріляний священик церкви на Байковому кладовищі Павел Остринський).

Схимник Олексій заарештований 11 травня 1932 року органами ДПУ, проходив у справі настоятеля Свято-Троїцького Іонинського монастиря Іова (Пругло) та інших ченців цієї обителі, з якою підтримував зв’язок. Звільнений 29 травня 1932 р. з підпискою про невиїзд. Справа стосовно старця припинена 21 травня 1933 р. після його смерті.

Помер в 1932 р.