Майбутній сповідник Олексій Маркович Соболенко народився 12 лютого 1882 р. в с. Туркенці Канівського повіту Київської губернії. Брат лаврського ієромонаха Неофіта.

Чернечий постриг прийняв 22 березня 1918 р.

У Києво-Печерському монастирі з 1907 р. З 19 липня 1914 р. служив по мобілізації в діючій армії. Рукопокладений в сан ієродиякона 31 жовтня 1921 р., в сан ієромонаха — 28 серпня 1924 р. Виконував послух в екклесіаршому відомстві.

На момент арешту жив в корпусі № 4, к. 4. Заарештовано 6 січня 1925 р. Київським губвідділом ДПУ за підозрою в приховуванні церковних цінностей. Проходив у справі «Жеретієнко і ін.». Звільнений 19 травня 1925 р. з підпискою про невиїзд.

До виселення з монастиря жив в корпусі № 39, к. 10, потім кілька місяців — у знайомого домовласника на Печерську, до 1932 р. — на Звіринці. Працював чорноробом. У 1933 р. виселений з Києва. Рік жив в Бучі, звідки йому запропонували піти за 50-кілометрову зону. Переїхав до Білої Церкви, де отримав п’ятирічний паспорт. Проживав за адресою: пров. Первомайський, 17.

В 1937 р. у IV відділ УДБ КОУ НКВС надійшли дані про нелегальне проживання о. Агафона в Києві. 14 жовтня 1937 р. заарештований на Солом’янці, коли йшов до Покровської церкви. Постанова про початок слідства, ордер на арешт і звинувачення складені після арешту — 15 жовтня 1937 р. Утримувався під вартою в київській тюрмі.

Свідків у справі і речових доказів не було. На єдиному допиті, проведеному 18 жовтня 1937 р., року заявив: «Так, я дійсно, був незадоволений і ображений радвладою, проводив серед віруючих в Києві, Бучі і Білій Церкві… відкриту агітацію проти влади. В цьому я визнаю себе винним».

Обвинувальний висновок складено 19 жовтня 1937 р. і передано суду «трійки». Засіданням «трійки» при Київському облуправлінні НКВС УРСР від 19 жовтня 1937 р. о. Агафон звинувачений «в тому, що будучи бродячим ченцем і проживаючи в м. Києві нелегально, проводив серед віруючих а/р агітацію, а також брав участь на спеціальних зборах церковників, де обговорювалися заходи церковників по боротьбі з радвладою». «Ухвалили: Соболенко Олексія Марковича, в чернецтві Агафон, ув’язнити у ВТТ строком на десять років, враховуючи термін з 14/Х-37 р.»

Вижити в виправно-трудових таборах, що знаходилися в основному на півночі, Уралі і в Сибіру було практично неможливо (виснажлива праця, голод, холод і хвороби). Додатково до всього цього влітку 1937 р. НКВС видав наказ про «репресування осіб, які вже утримуються у в’язницях, таборах, трудових селищах і колоніях». Серед тих, хто повинен бути підданий репресіям, вказані священнослужителі: «Найбільш активні антирадянські елементи з колишніх церковників…».