Будущий исповедник Алексий Маркович Соболенко родился 12 февраля 1882 г. в селе Туркенцы Киевской губернии. Брат лаврского иеромонаха Неофита.

Монашеский постриг принял 22 марта 1918 г.

В Киево-Печерском монастыре с 1907 г. С 1914 г. служил по мобилизации в действующей ар­мии. Рукоположен в сан иеродиакона 31 октября 1921 г., в сан иеромонаха — 28 августа 1924 г. Вы­полнял послушание в экклесиаршем ведомстве.

На момент ареста жил в корпусе № 4. Аресто­ван 6 января 1925 г. по подозрению в сокрытии церковных ценностей. Проходил по делу «Жеретиенко и др.» Освобож­ден 19 мая 1925 г. с подпиской о невыезде.

До выселения из монастыря жил в корпусе № 39, затем несколько месяцев — у знакомого до­мовладельца на Печерске, до 1932 г. — на Зверин­це. Работал чернорабочим. В 1933 г. выселен из Киева. Год жил в Буче, откуда ему предложили уда­литься за 50-километровую зону. Переехал в Бе­лую Церковь, где получил паспорт.

В 1937 г. поступили данные о нелегальном проживании отца Агафона в Киеве. 14 октября этого года арестован на Соломенке, когда шел в Покровскую церковь. Постановле­ние о начале следствия, ордер на арест и обвине­ние составлены после ареста — 15 октября 1937 г. Содержался под стражей в киевской тюрьме.

Свидетелей по делу и вещественных доказательств не было. На единственном допросе, проведенном 18 октября 1937 г., он заявил: «Да, я действительно, будучи недовольным и обиженным соввластью, проводил среди верующих в Киеве, Буче и Белой Церкви… открытую агитацию против власти. В этом я признаю себя виноватым».

Обвинительное заключение составлено 19 октя­бря 1937 г. и передано суду «тройки». Отец Агафон был обвинен в том «…что являясь бродячим монахом и проживая в г. Киеве нелегально, проводил среди верующих антисоветскую агитацию, а также участвовал в специальных собраниях церковников, где обсуждались меро­приятия церковников по борьбе с соввластью». «Постановили: Соболенко Алексея Марковича, в монашестве Агафон, заключить в исправительно-трудовой лагерь сроком на десять лет, считая срок с 14/Х-37 г.»

Выжить в исправительно-трудовых лагерях, на­ходившихся в основном на севере, Урале и в Сибири, было практически невозможно (изну­рительный труд, голод, холод и болезни). До­полнительно ко всему этому летом 1937 г. НКВД издал приказ о «репрессировании лиц, уже содер­жащихся в тюрьмах, лагерях, трудовых поселках и колониях». Среди тех, кто должен быть подвер­гнут репрессиям, указаны священнослужители: «Наиболее активные антисоветские элементы из бывших церковников…»