Будучи в сане архимандрита, отец Ермоген стал наместником Киево-Печерской Лавры в то время, когда святая обитель оказалась под угрозой закрытия безбожниками. В суровые 20–30-е годы ХХ века архимандрит Ермоген сумел сплотить вокруг себя братию для служения Богу и людям в неимоверно тяжелых условиях. Проявляя необходимую твердость, отец Ермоген на пять лет продлил жизнь монашеской общины уже вне стен Киево-Печерской Лавры в Ольгинской церкви Киева. На новом месте община просуществовала до ареста отца Ермогена и части братии в 1931 г. Архимандрит Ермоген без суда и следствия был приговорен к расстрелу. Затем расстрел был заменен десятью годами каторжных работ. Исповедничество стало главным подвигом его жизни. Скончался в праздник Благовещения Пресвятой Богородицы в Жировицком Успенском монастыре в сане архиепископа. Согласно воле почившего, Владыка Ермоген был похоронен в Киеве рядом с могилами близких.